Pierwsza wzmianka o organach w miejskim kościele Mariackim pochodzi z 1500 roku.
Po reformacji mistrz Blasius z Bautzen zbudował nowe organy w 1533 roku. Oprócz remontów i rozbudowy organów, mniej więcej co 100 lat budowane są nowe organy: w 1592 r. przez Hansa Lange z Kamenz, w 1698 r. przez nadwornego budowniczego organów Andreasa Tamitiusa z Drezna, w 1795 r. przez Joh. Chr. Flemminga z Torgau, w 1872 r. przez Conrada Geißlera z Eilenburga (rozbudowane w 1928 r. o Rückpositiv firmy Furtwängler & Hammer z Hanoweru) i wreszcie w 1984 r. przez organmistrza Schustera z Zittau. Dzisiejsze organy zostały zainstalowane w nawie północnej, aby ponownie uwidocznić okrągłe okno w zachodnim frontonie. Organy Schustera mają 40 piszczałek rozmieszczonych na trzech manuałach i pedale. Organy mają zatem 2678 piszczałek. Szczególnie uderzające są hiszpańskie trąbki, które jako poziome ograniczniki emitują szczególnie silny dźwięk do pomieszczenia. Ciepły ton podstawowy manuałów głównych pozwala na szczególnie dobre rozwinięcie się alikwotów (kwint i tercji), dzięki czemu słuchacz doświadcza przytłaczającego wrażenia dźwiękowego w dużej akustyce kościoła.
Dyspozycja:
Hauptwerk I C-g3
Pommer 16'
Principal 8'
Koppelflöte 8'
Oktawa 4'
Spitzflöte 4'
Nasat 2 2 / 3'
Gemshorn 2'
Mieszanka V 2'
Scharfcymbel III 1 / 2'
Trąbka 8'
Chamade 8'
Oberwerk II C-g3
Spiczasty główny 8'
Rohrgedackt 8'
Oktawa 4'
Flet poprzeczny 4'
Oktawa 2'
Piąty 1 1 / 3'
Trzecia 1 3 / 5'
Ostry IV 1'
Hautbois 8'
Klarnet 4'
Tremulant
Brustwerk III C-g3
Gedackt 8'
Flet stroikowy 4'
Sesquialter II 2 2 / 3'
Principal 2'
Oktawa 1'
Talerz II 1 1 / 3'
Regal śpiewający 8'
Chamade 8'
Tremulant
Pedał C-f1
Headmaster 16'
Subbas 16'
Wielka kwinta 10 2 / 3'
Oktawa 8'
Gedackt bas 8'
Oktawa 4'
Pommer 4'
Mieszanka VI 2 2 / 3'
Puzon 16
Trąbka 8
Klarnet 4'C
Hamade 8'
Źródło: Parafia protestancka w Torgau, dyrektor muzyczny kościoła Ekkehard Saretz
